Křížové financování (flexibilita)

Křížové financování je upraveno v čl. 34 Nařízení 1083/2006 o obecných ustanoveních o SF. Každý program je financován jen z jednoho fondu EU. Princip křížového financování však umožňuje výjimku, kdy lze doplňkovým způsobem v rámci limitu (většinou) 10 % na každou prioritní osu operačního programu financovat aktivity projektu spadající do oblasti podpory z druhého fondu. Například nákup výpočetní techniky do počítačové učebny školy je financován z Evropského fondu pro regionální rozvoj. Křížové financování dovolí financovat též zaškolení personálu v používání nových programů, avšak jen do stanoveného stropu limitu křížového financování.