Udržitelnost je doba, po kterou musí příjemce podpory udržet výstupy projektu. K udržení výstupů projektu se příjemce podpory zavazuje ve smlouvě o financování, ve které každý operační program blíže specifikuje dobu udržitelnosti. Efekty projektu musí být udrženy v nezměněné podobě zpravidla po dobu pěti let od dne ukončení fyzické realizace projektu, a to v souladu s článkem 57 Nařízení Rady (ES) č. 1083/2006. Naplňování a udržení hodnot výstupů může být předmětem kontroly ze strany příslušných institucí. Při nesplnění povinnosti udržitelnosti může být žadatel v krajním případě požádán o vrácení dotace nebo její části. Pokud dojde v projektu k podstatné změně, která ovlivňuje povahu projektu nebo výsledky jeho provádění anebo poskytuje nějaké firmě nebo veřejnému orgánu nepatřičnou výhodu; a je výsledkem buď změny v povaze vlastnictví nějaké součásti infrastruktury nebo ukončení či přemístění nějaké produktivní činnosti, má členský stát povinnost informovat o těchto změnách Komisi a postupovat podle článku 98 Nařízení Rady 1083/2006.