Úroveň operačních programů
Každý operační program má definovanou soustavu několika orgánů, které se podílejí na jeho úspěšné realizaci:
Řídicí orgán
Řízení jednotlivých operačních programů včetně výběru projektů a dohledu nad jejich realizací již spadá do kompetencí tzv. řídicích orgánů, kterými jsou v případě tematických OP odpovídající oborová ministerstva a u regionálních OP jsou jimi regionální rady regionů soudržnosti.
Zprostředkující subjekt
Část svých činností, při nichž dochází k nejčastějšímu kontaktu se žadateli a realizátory projektů (např. vypisování výzev, vybírání a hodnocení projektových žádostí, konzultace se žadateli a realizátory projektů apod.), může řídicí orgán delegovat na zprostředkující subjekty, kterými jsou často instituce s regionálními pobočkami (např. úřady práce, CzechInvest, kraje, Státní fond životního prostředí apod.), ale bývají to též různé odbory na ministerstvech. V případě regionálních operačních programů, programů pro Prahu a programů cíle Evropské územní spolupráce nejsou zřízeny zprostředkující subjekty, ale společné technické sekretariáty, regionální subjekty, případně vykonávají veškeré činnosti přímo řídicí orgány.
Monitorovací výbor
Dohled nad realizací operačního programu má monitorovací výbor, který spolu s řídicím orgánem řeší především vzniklé problémy, schvaluje závěrečnou a výroční zprávu za operační program nebo navrhuje změny v operačním programu a navazující soustavě programových dokumentů.
Platební a certifikační orgán
V České republice je jen jeden centrální orgán, který zajišťuje tok prostředků z fondů EU do České republiky, a tím je odbor Národní fond Ministerstva financí ČR. Realizátoři projektů s Platebním a certifikačním orgánem (PCO) přímo nekomunikují, nýbrž platby dostávají prostřednictvím zprostředkujícího subjektu, příp. řídicího orgánu přímo ze státního rozpočtu, který projekty předfinancovává. Teprve následně žádá PCO Evropskou komisi o převedení prostředků z rozpočtu EU na svůj účet a tyto prostředky jsou poté převedeny do příslušné rozpočtové kapitoly ministerstva, které odpovídající platby předtím předfinancovalo.
Auditní orgán
Auditem připravenosti řídicího a kontrolního systému všech operačních programů, nastavením řídicích a kontrolních systémů operačních programů, metodickým vedením všech auditních subjektů zapojených do realizace operačních programů a dalšími úkoly souvisejícími s auditem je v České republice opět pověřen jediný subjekt, a to odbor Auditní orgán - Centrální harmonizační jednotka na Ministerstvu financí ČR.
Institucionální zajištění řízení jednotlivých operačních programů má svá specifika, proto vám doporučujeme prostudovat podrobnější popis v sekci Řízení a monitoring každého operačního programu.