Partner Evropské komise v České republice
Roli centrálního oficiálního partnera vůči EK plnilo MMR již v době přípravy na nové programové období, kdy zajišťovalo celkovou koordinaci přípravy ČR na období 2007–2013 včetně zpracování Národního rozvojového plánu (NRP) a Národního strategického referenčního rámce (NSRR). Také v průběhu nynějšího programového období je hlavním partnerem EK v České republice, který jí předkládá zprávy o realizaci politiky HSS v naší zemi a řeší s ní nastalé problémy.
Správce monitorovacího systému
NOK (prostřednictvím organizačního útvaru MMR provádějícího dílčí činnosti NOK) zabezpečuje jednotný informační systém politiky HSS pro řízení, koordinaci, monitorování a vyhodnocování (evaluace) operačních programů a jejich projektů ve všech úrovních administrativního a finančního řízení.
Řídí rovněž nastavení informačního systému v oblasti sběru, zpracování, uchovávání, výstupu, vyhodnocování a přenosu dat a informací, systémů řízení, monitorování a komunikace s Evropskou komisí.
Zároveň do monitorovacího systému zařazuje i nové funkční prvky podle průběžně vznikajících potřeb realizace operačních programů a požadavků odborných útvarů ministerstva pro místní rozvoj realizujících funkci Národního orgánu pro koordinaci.
Metodická a koordinační role pro funkční implementační prostředí
NOK dále zajišťuje koordinaci jednotného implementačního prostředí (tj. prostředí, v němž fungují všechny instituce zapojené do řízení politiky HSS v ČR), vedení poradních a dalších výborů a tematických pracovních skupin.
Koordinační role v oblasti institucionální kapacity má přispět ke kvalitnímu personálnímu zabezpečení implementujících struktur. Nastavení motivačního systému by mělo zabránit odlivu těchto vzdělaných a zkušených zaměstnanců do soukromé sféry.
Centrální metodická role NOK je vykonávána prostřednictvím vydávání metodické dokumentace v průřezových oblastech společných pro všechny operační programy, jakými jsou horizontální témata, veřejná podpora, způsobilé výdaje apod. Tyto metodiky jsou závazné pro všechny řídicí orgány.
Publicita a absorpční kapacita
NOK zabezpečuje jednotnou a srozumitelnou informační kampaň o čerpání prostředků ze strukturálních fondů a z Fondu soudržnosti v České republice a koordinuje aktivity řídicích orgánů v této oblasti.
Absorpční kapacita, tj. schopnost žadatelů podávat dostatečné množství kvalitních projektových záměrů, bude ze strany NOK podporována u průřezových témat a zajištěním provázanosti regionálních OP s tematickými OP.
Administrativní kapacita, tj. schopnost řídicích orgánů a ostatních subjektů zapojených do administrativního pracování projektů financovaných Evropskou unií zvládnout nápor žadatelů, je podporována Národním orgánem pro koordinaci průběžným vzděláváním příslušných pracovníků.