Zasedání MV bylo zahájeno úvodním slovem pana ministra Vondrušky, který vyzdvihl význam programu meziregionální spolupráce.
Na programu jednání byly otázky spojené s řízením a implementací programu, schvalování projektů předložených v rámci druhé výzvy je plánováno na konec října, kdy bude probíhat páté zasedání MV ve Švédsku.
Jedním z prvních bodu jednání byla otázka spojená se systémem kontroly prvního stupně v Itálii a Francii, který v těchto dvou státech měl určité problémy, což znamenalo, že projekty s vedoucím partnerem z těchto států nemohly předkládat „progress report“, ani žádosti o platbu. V současnosti jsou tyto problémy vyřešeny a projekty s vedoucími partnery z Itálie nebo z Francie mají možnost předložit své „progress reports“ do 15.6. 2009 na jejichž základě jim budou později vyplaceny certifikované výdaje.
Otázka pravidel způsobilosti (splnění technických podmínek – žádost obsahuje to co má..) byla dalším z velmi diskutovaných bodů jednání. Zástupce Evropské komise vyjádřil své znepokojení nad vysokou mírou nezpůsobilých projektů, která se oproti první výzvě nezmenšila a navrhl MV určitou míru flexibility v této otázce. Diskutovala se možnost dát těm projektům, kde byla chyba ve způsobilosti způsobena překlepem nebo určitou technickou chybou, možnost tyto chyby opravit. Nicméně většina členů MV odmítla měnit pravidla způsobilosti v průběhu hodnocení projektů, s tím, že by to nebylo rovné zacházení s partnery. Pro další výzvu však budou možná způsobilostní pravidla akceptovat určitou flexibilitu. Tato otázka se musí ještě projednat na dalším zasedání MV. V nejbližších dnech boudou vedoucí partneři nezpůsobilých projektů informováni o tom, že jejich projekt nesplnil, některé podmínky způsobilosti.
Druhý den zasedání MV byl zahájen důležitou diskuzí o strategii pro další výzvy. Z předběžných výsledků hodnocení vyplývá, že kvalita projektů přeložených v druhé výzvě je vyšší a tedy se i očekává, že v rámci druhé výzvy bude schváleno více projektů. Tento fakt, však znamená, že na další výzvy budou zbývat pravděpodobně velmi limitované finance. Na základě tohoto faktu se členové MV dohodli, že vyhlášení třetí výzvy bude odloženo (původně plánováno vyhlášení na přelomu října/listopadu 2009), termín vyhlášení této výzvy bude diskutována na dalším zasedání MV ve Švédsku v říjnu 2009. Členové MV se shodli, že je třeba nejdříve vědět, kolik financí bude po 2,. výzvě zbývat a následně se rozhodnou, kdy a za jakých podmínek bude vyhlášena třetí výzva. Je třeba si uvědomit, že podmínky pro třetí výzvu se budou s největší pravděpodobností lišit od těch předešlých. Diskutovala se také možnost, že by třetí výzva byla vyhlášena pouze na určitá témata nebo prioritu. Všechny tyto body budou probírány na dalším zasedání MV, kde se bude vědět, kolik financí na projekty bude stále dostupných.
Důležité rozhodnutí padlo v otázce kapitalizačních projektů. Protože tyto projekty svou specifičností musí být ukončeny do roku 2013, tak aby měly dopad na „hlavní programy“ strukturálních fondů, rozhodl MV, že na konci roku 2009 nebo na začátku roku 2010 bude vyhlášena specifická výzva pouze pro kapitalizační projekty. Pro tuto výzvu bude alokováno maximálně 15 mil. Eur. V této výzvě bude možné předkládat kapitalizační projekty v obou výzvách. Konečný termín vyhlášení „kapitalizační“ výzvy bude vyhlášen v 3. čtvrtletí 2009.