I

Implementace programu má více rovin. V prvé řadě jde o vymezení struktury a povinností institucí odpovědných za řízení a realizaci programů (tzv. implementační struktura). Dále do implemetační struktury patří úkoly a povinnosti zprostředkujících subjektů a příjemců pomoci. Dále zahrnuje soubor činností a postupů při samotné realizaci programu a projektů (informace a publicita, výběr projektů, monitorování, platby, věcná a finanční kontrola) při respektování požadavků příslušné legislativy ES a předpisů ČR pro nakládání s veřejnými prostředky. Proces implementace programu navazuje na proces programování. Podrobný popis všech vztahů, odpovědnosti a činnosti všech zúčastněných subjektů je uveden v prováděcím dokumentu programu nebo v ostatních navazujících dokumentech (např. v příručkách pro žadatele) jednotlivých operačních programů.

Dokument, který svým obsahem navazuje na operační program a obsahuje podrobné informace o implementaci (realizaci) programu, zejména pak o operační úrovni prioritních os - oblastech podpory. Jsou zde podrobněji vymezeni příjemci podpory, způsobilé výdaje a další. Prováděcí dokument není předkládán a projednáván s Evropskou komisí.

Individuálním projektem je myšlen projekt, který není zastřešen grantovým schématem a jehož realizátor obdrží podporu přímo. Předkladateli individuálních projektů jsou vždy koneční příjemci, kteří jsou zároveň i konečnými uživateli podpory.

Iniciativy Společenství byly v období 2000-2006 zvláštní programy zřízené Evropskou komisí k řešení specifických problémů dotýkajících se celého území EU, které doplňovaly jiné programy Evropského Společenství nebo usnadňují jejich realizaci. Jednalo se o programy Interreg III , Equal , Leader+, Urban.

Integrovaný operační program pro období 2007—2013 je zaměřený na řešení společných regionálních problémů v oblastech infrastruktury pro veřejnou správu, veřejné služby a územní rozvoj: rozvoj informačních technologií ve veřejné správě, zlepšování infrastruktury pro oblast sociálních služeb, veřejného zdraví, služeb zaměstnanosti a služeb v oblasti bezpečnosti, prevence a řešení rizik, podporu cestovního ruchu, kulturního dědictví, zlepšování prostředí na sídlištích a rozvoj systémů tvorby územních politik. Z fondů EU je pro něj vyčleněno 1,58 mld. € (cca 44,75 mld. Kč).

Soubor vzájemně provázaných investičních a neinvestičních projektů zaměřených na řešení konkrétních problémů města. Projekty obsažené v IPRM mohou být podporovány z různých zdrojů, včetně zdrojů EU, resp. operačních programů. Předkladatelem konceptu IPRM a realizátorem vlastního IPRM je město.

Program INTERACT II je pokračováním programu INTERACT (2000 - 2006) v programovacím období 2007—2013. Jedná se o servisní program pro řídící struktury operačních programů cíle Evropská územní spolupráce, veřejnost nemá tudíž možnost čerpat z jeho prostředků. Cíle programu jsou především tyto: zlepšení efektivnosti územní spolupráce, přispění ke kvalitě územní spolupráce a podpora implementace programů přeshraniční, nadnárodní a meziregionální spolupráce, poskytnutí prostoru regionům k diskuzi o strategiích pro přeshraniční a nadnárodní regionální rozvoj a zajištění přenosu inovací.

Program Interreg III pro období 2000 - 2006, jež má tři části (A, B, C), je jednou z iniciativ Evropských společenství, která byla schválena Evropskou komisí pro členské země Evropské unie a je nástrojem pro překonání nevýhod plynoucích z příhraniční pozice dané oblasti. Část A se týká přeshraniční spolupráce, část B je zaměřena na nadnárodní spolupráci a část C podporuje meziregionální spolupráci. V období 2007—2013 je Iniciativa Společenství Interreg nahrazena programy cíle Evropská územní spolupráce (přeshraniční spolupráce, nadnárodní spolupráce, meziregionální spolupráce, Espon 2013 a Interact II).

Investiční projekty jsou zaměřeny zejména na výstavbu a nákup nemovitostí, nákup nových strojů a technologií atd. Jde tedy o pořízení dlouhodobého hmotného a nehmotného majetku.

Novým nástrojem předvstupní pomoci se pro programovací období 2007—2013 stal program IPA, který nahradil předešlých 5 nástrojů ( PHARE, ISPA, Sapard, Předvstupní pomoc Turecku, CARDS). Hlavním cílem podpory fondů IPA je především pomoc při přípravě na členství v EU a při zavádění evropských norem a legislativy. IPA se zaměřuje na 5 nejdůležitějších oblastí - přechodová pomoc, regionální a přeshraniční spolupráce, regionální rozvoj, rozvoj lidských zdrojů a rozvoj venkova. Přestože pomoc IPA není určena pro ČR, české veřejné a soukromé subjetky se mohou zapojit do její realizace v kandidátských zemích a zemích, jež jsou potenciálními kandidáty na členství v EU, např. prostřednictvím účásti na zakázkách v oblasti služeb a investic.

Informační systém, který slouží k administraci žádostí a k monitorování a kontrolám průběhu realizace jednotlivých projektů.

ISPA byl nástroj předvstupní pomoci. Cílem byla pomoc kandidátským státům v předvstupním období splnit standardy EU týkající se životního prostředí a vyvinout kvalitní dopravní infrastrukturu potřebnou pro hospodářský rozvoj. ČR jej využívá teprve od roku 2000, přičemž do května 2003 bylo pro ČR alokováno 350 mil. EUR (10,8 mld. Kč). Zařazení finančního nástroje ISPA do předvstupních programů podpory poskytované EU kandidátským státům vytvořilo základní předpoklad pro následné úspěšné využití možností Fondu soudržnosti po vstupu ČR do EU.

Informační Systém programového financování je manažerský systém pro řízení a kontrolu čerpání položek státního rozpočtu. Systém umožňuje plánovat finanční potřeby a zdroje pro každou akci (investiční nebo neinvestiční) a průběžné operativní sledování průběhu realizace akce.